Per tutto ciò era urgente la necessità di dotare questa città di confine di un moderno sistema di difesa, ed il primo passo fu di costruire un nuovo castello che venne ubicato dove oggi c’è il Palacio de la Diputación (Palazzo della Deputazione).

Costruito il nuovo castello, Carlos I si dedicherà principalmente al rimodernamento delle mura della città. Durante il suo regno si crearono le "zone polemiche", dov’era vietata la costruzione di edifici. Queste zone riguardavano principalmente le mura fuori porta, dove esistette la possibilità di demoralizzare il nemico in un assedio alla città. 

La grande costruzione difensiva di Pamplona ebbe luogo sotto il regno di Felipe II, la moderna cittadella, che motivò la scomparsa del già antiquato castello di Fernando el Católico. 

Durante l’intera l'età moderna i monarchi mostrarono un gran interesse per mantenere in buone condizioni e rinnovare le difese della città finché i nuovi avanzamenti militari resero antiquato il vecchio sistema di mura e nell'ultimo terzo del secolo XIX venne costruito il Forte di Alfonso XII, nel vicino monte di San Cristóbal.

La passeggiata attraverso le mura è gradevolissima, poiché attorno a loro si aprono la maggior parte degli spazi verdi della città. Si può realizzare questo percorso sia dalla parte superiore della stessa e sia da sotto, da dove possiamo apprezzare l’imponenza delle mura.
Presso il baluardo di San Bartolomé (1), dove si trovava il forte che portava il suo nome innalzato nel secolo XVIII, inizia con il parco della Media Luna (Mezzaluna) (2), disegnato dall'architetto Víctor Eusa nel 1935. Ambientato con romantiche pergole, stagni ed aiuole, offre delle eccellenti viste sull'Arga e la cattedrale. In lui si trova il monumento al violinista Pablo Sarasate.

Se ci sporgiamo dalle mura, sotto il bastione del Redín potremo vedere l’avamposto del baluardo basso di Guadalupe (5) ed il ponte della Magdalena (6), uno dei molti ponti di origine medievale che attraversano il fiume Arga. Riceve il nome dall'antico ospedale che si trovava sull'altra sponda del fiume, e dal quale accedono a Pamplona i pellegrini che realizzano il cammino di Santiago. Seguendo la passeggiata ci troviamo con una delle porte del recinto murato, Il Portal de Francia (7), noto anche come "Atrio di Zumalacárregui ", poiché la tradizione racconta che fu questa l’uscita della città utilizzata dal generale quando andò a mobilitare le sue truppe nella prima guerra carlista. 

Seguiamo la passeggiata dalla parte posteriore del Museo di Navarra, dopo aver attraversato la salita di Santo Domingo, attraverso la zona conosciuta come Paseo de Ronda (13). Sotto questo viale si trova il ponte del Rochapea (14), dove c’era un’altra delle antiche porte delle mura, demolita nell'anno 1914 e della quale si conserva solo lo scudo, che venne collocato nel 1960 nel Portal Nuevo (Atrio Nuovo) (15). Quest’ultimo venne aperto nelle mura nel 1950, per agevolare l'accesso alla città da nord.

Attraverso di lui si arriva al Parque de la Taconera (Parco), dove troviamo ancora tele delle mura ed i baluardi dei Gonzaga, la mezzaluna di San Roque ed il baluardo della Taconera, tutti loro realizzati alla fine del secolo XVII e inizi del XVIII. 

Questo parco è il più antico dei giardini di Pamplona, ed oltre al monumento a Julián Gayarre, l'antica fontana del Mariblanca e due bar dove poter riposare, dispone di un simpatico zoo con cervi, cinghiali, pavoni ed altre specie negli stessi fossati delle antiche mura. Nella calle del Bosquecillo, che costeggia questi giardini, si può contemplare l'atrio di San Nicolás (16), dal quale si accedeva all’omonimo borgo, che fu costruito nel 1666 assieme all'atrio della Taconera.

La Cittadella de Pamplona (18)
L'elemento conservato più importante delle fortificazioni di Pamplona è la cittadella. La sua costruzione inizia in epoca di Felipe II, nel 1571, secondo i disegni dell'ingegnere militare Giacomo Palearo, noto come il Fratín, che ebbe partecipato anche nella riforma del castello di Santa Barbara a Valenza e nel castello di Santa Cruz de la Coruña. La nuova cittadella era consone ai nuovi progressi delle tecniche belliche, che obbligavano a difendersi dai cannoni che avevano una portata più lunga da quelli finora utilizzati, per cui l'antico castello di Fernando el Católico era rimasto antiquato.

Tuttavia continuarono alla realizzazione di nuove opere, dotandosi l'interno della fortificazione con altri servizi, come la polveriera, disegnata nel 1694 dall'ingegnere Hércules Torelli, la Sala d’Armi, antico arsenale di artiglieria, progettato nel 1725 dall'ingegnere Jorge Próspero Verboom, autore della cittadella di Barcellona, il Horno (forno) e l'antico magazzino dei viveri e la cantina, oggi noto come il Pabellón de Misxtos (Padiglione dei Misti), costruito alla fine del secolo XVII e rimodellato nel 1720 da Ignacio de Sala. Questo stesso ingegnere, che aveva già lavorato nella costruzione della Reale Fabbrica dei Tabacchi di Siviglia, ed era il responsabile anche delle volte a prova di bomba che proteggono gli accessi alla cittadella.

La moderna costruzione dimostrò la sua effettività, poiché non è stata mai invasa dalle armi. Solo una volta fu sottomessa, e fu per l'astuzia degli attaccanti, che utilizzarono come unica munizione le inoffensive palle di neve. 

Successe durante l'inverno del 1808, quando per il trattato di Fontainebleau le truppe francesi s’insediarono nella parte esterna della città perché il prudente viceré si era negato, il marchese di Vallesantoro, ad alloggiarle all’interno del recinto militare. Tuttavia, tutte le mattine i francesi accorrevano alla cittadella a raccogliere gli alimenti necessari per le loro riserve.

Nell'anno 1966 l'autorità militare cedette il recinto al comune di Pamplona, ed oggi viene utilizzato per realizzare esposizioni e nei suoi giardini e in quelli della Vuelta del Castillo che la circonda trovano spazio una serie di sculture che hanno trasformato questo spazio in un gradevole museo all'aperto.

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